مجتمع بنت الهدی در اجرای طرح تحول نظام آموزشی المصطفی پیشتاز است و برای ارائه رشته های این طرح,، سه مدرسه عالی علوم اسلامی و انسانی در مجتمع راه اندازی خواهد گردید.